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Années 1910, Kodô Iwamoto est élève au collège Seihô, un établissement sous tutelle de l'armée. Sur ordre de sa hiérarchie, il se rend aux quatre coins du Japon pour enquêter sur des phénomènes surnaturels. Dans un village où tombe une étrange « neige noire », il fait la connaissance de Shizuma, un adolescent aux aptitudes mystérieuses.